国会事故調を設置した法律によれば、国会事故調は、福島第一原発事故を踏まえた「行政組織の在り方の見直し」を含め提言を行うことを任務としている。黒川委員長は、その調査を行っている最中に、政府が「組織の在り方」を定めて法律を決定したことを、「私には理解できない」として、「政府の決定の見直しおよび国会における責任ある対応を求める」との声明を発表した。